예금보험공사 이사회는 공사 최고 집행기구로서 정관 변경, 경영목표 수립 및 변경 등의 주요 경영사항을 심의·의결하며, 사장, 부사장, 상임이사 4인 이내 및 비상임이사 7인 이내로 구성됩니다. 금융·경제 분야 전문가 등을 비상임이사로 선임하여 전문분야 다양성을 강화하고 있으며, 비상임이사의 역할 강화를 위하여 주요 안건 및 공사 현안에 대한 충분한 자료제공 및 업무보고를 실시하고, 비상임이사의 경영 제언을 업무에 적극 반영하고 있습니다.
예금보험위원회는 예금자보호법 제8조 및 정관 제8조에 근거한 공사 최고 의결기구로, 공사의 주요업무 운영 기본 방침을 수립하고 기금운용계획 등을 심의하고 있습니다. 당연직인 사장(위원장), 금융위원회 부위원장, 기획재정부 차관, 한국은행 부총재 4인을 비롯하여, 금융위원회, 기획재정부 장관, 한국은행 총재가 각각 추천하는 위원 3인을 포함해 총 7인으로 구성됩니다. 공사는 예금보험위원회 주요 의결사항 및 회의록을 홈페이지를 통해 투명하게 공개하고 있습니다.